Alle zulässigen Vorschläge werden von der Kommission mit der Unterstützung von unabhängigen Experten/innen geprüft.
Das Bewertungsverfahren, das im ein- oder auch zweistufigen Verfahren erfolgen kann, ist in mehrere Schritte unterteilt:
Vor der eigentlichen Bewertung werden die Gutachter/innen von der Kommission mündlich oder schriftlich über die allgemeinen Bewertungsleitlinien und Ziele des betreffenden Forschungsbereiches unterrichtet.

Anhand der jeweiligen Bewertungskriterien wird dann jeder Vorschlag von mindestens drei bis fünf Experten/innen einzeln bewertet, d.h. es werden Einzelbewertungsbögen ausgefüllt, Noten vergeben und Anmerkungen gemacht. Die individuellen Einschätzungen der Gutachter/innen bilden die Grundlage für den gemeinsamen Konsensbericht, der im darauffolgenden Schritt erstellt wird.

Im Anschluss kann, wenn nötig, eine Gremiensitzung einberufen werden, in der die Konsensberichte, die Noten und die Vorschläge untereinander verglichen werden und eventuell Empfehlungen über die Einstufung oder die Zusammenfassung der Vorschläge zur Zusammenlegung von Projekten gegeben werden. Dabei kann es auch zu Anhörungen der Antragsteller/innen kommen.

Die Bewertungskriterien sind den Beteiligungsregeln bzw. den jeweiligen Arbeitsprogrammen zu entnehmen. In den Arbeitsprogrammen und den Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen ist angegeben, wie diese Kriterien von der Kommission angewandt werden.

Die Bewertung der Vorschläge durch unabhängige Experten/innen kann, je nach Entscheidung der Kommission, entweder vom Wohnort oder Arbeitsplatz des/r Gutachters/in aus (Fernverfahren) oder in den Gebäuden der Kommission erfolgen.