Die Vorgaben der Lissabon-Strategie konnten von den Mitgliedstaaten der EU nicht erfüllt werden. Insbesondere das 3%-Ziel ließ sich angesichts des weiteren Ausbaus der EU im Jahr 2004 und der massiven Wirtschaftskrise ab 2008 nicht erreichen. Schon der Ljubljana-Prozess und die mit ihm verbundene "Vision 2020", veröffentlicht im Dezember 2008, weisen deutlich über die Lissabon-Strategie hinaus.

In der Vision 2020 wird für den EFR eine stärkere Interaktion innerhalb des "Wissensdreiecks" von Bildung, Forschung und Innovation gefordert, gestützt durch eine "fünfte Grundfreiheit" der EU, dem freien Verkehr von Forschern, Wissen und Technologie. Durch eine europaweite Kohäsionspolitik und eine angemessene länderübergreifende Koordinierung soll der EFR Europa erlauben, in internationalen Foren und im Dialog mit seinen wichtigsten internationalen Partnern mit einer Stimme zu sprechen und mit den Wettbewerbern aus Asien und den USA noch besser zu konkurrieren.

Insbesondere der Aspekt der Koordinierung in der Vision 2020 entspricht dem am 1. Dezember 2009 in Kraft getretenen Vertrag von Lissabon, der die Förderung der Forschung als eigenständiges Ziel der EU benennt, den Europäischen Forschungsraum als Vertragsgegenstand etabliert und die Forschungsrahmenprogramme in den Dienst der Ausgestaltung des EFR stellt.

Interpretiert werden diese Veränderungen als Auftrag, die Abstimmung zwischen den Mitgliedsstaaten zu verbessern und dem Gedanken der Innovation und der Ausrichtung der Forschung an den großen wirtschaftlich und sozial relevanten Fragestellungen ("Grand Challenges") noch stärker Rechnung zu tragen. Prägend werden diese Prinzipien für die Instrumente in "Horizon 2020- the framework programme for research and innovation" sein, das am 1. Januar 2014 in Kraft treten soll und auf Vorschlag der Europäischen Kommission gemeinsam von den Mitgliedsstaaten und dem Europäischem Parlament beschlossen wird.