Das Arbeitsprogramm gliedert sich entlang von fünf Herausforderungen („challenges“):
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Coping with climate change
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Sustainable use and management of land and seas
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Improving resource efficiency
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Protecting citizens from environmental hazards
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Mobilizing environmental knowledge for policy, industry and society
Das Arbeitsprogramm ist durch interdisziplinäre Forschungsansätze sowie Bezüge zu fast allen anderen Themen innerhalb des Spezifischen Programms "Zusammenarbeit" geprägt. Der Kooperation mit kleinen und mittleren Unternehmen (KMU) kommt eine hohe Bedeutung zu. Darüber hinaus spielt die Zusammenarbeit mit Drittstaaten eine zentrale Rolle.