Die Anträge werden im "Peer Review"-Verfahren  begutachtet. Dafür hat der ERC 25 international zusammengesetzte Gutachter-Panels gebildet, die alle Wissenschaftsbereiche abdecken und mit je ca. 10-15 Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern besetzt sind. Die Panelmitglieder wurden vom Scientific Council ausgewählt. Seit 2011 arbeiten die Panels nun in zwei unterschiedlichen Zusammensetzungen und begutachten jährlich alternierend. Die Panels teilen sich wie folgt auf die 3 Förderbereiche auf:

• Natur- und Ingenieurwissenschaften (10 Panels)
• Lebenswissenschaften (9 Panels)
• Sozial- und Geisteswissenschaften (6 Panels)

Der ERC veröffentlicht vor dem Ablauf der Einreichungsfristen die Namen der Panelvorsitzenden auf seiner Website. Erst nach Abschluss einer gesamten Begutachtungsrunde, d.h. in der Regel einmal pro Jahr, sind die Namen aller Gutachter/innen auf der CORDIS-Webseite einsehbar - allerdings ohne Angaben zum Status des Gutachters (Panelmitglied vs. externer Experte) oder genaue Zuordnung.

Zudem werden in jeder Begutachtungsstufe auch eine größere Zahl an externen Experten/innen ("external reviewers") zur Begutachtung hinzugezogen.