Die eingereichten Anträge werden in einem internationalen "Peer Review"-Verfahren von den Fachpanels des ERC in zwei Schritten begutachtet; zusätzlich wird die Expertise externer Gutachter/innen eingeholt.
Die Zuordnung eines Antrags zu einem bestimmten Panel erfolgt auf der Grundlage des vom Principal Investigator (PI) bei der Antragstellung gewählten Panels, die letztendliche Zuordnung eines Antrags nehmen die Panelvorsitzenden unterstützt von der ERC-Geschäftsstelle (ERCEA) vor.
Die Anträge werden in beiden Begutachtungsschritten jeweils zuerst durch mehrere Gutachter/innen individuell und dann abschließend im gesamten Panel bewertet. Sowohl die Einzelgutachten als auch die Panelbewertungen beinhalten eine Benotung des Antrags (jeweils bezogen auf die Person des PI bzw. das Forschungsvorhaben) auf einer dreistufigen Skala (A = sufficient quality, B = high quality, C = not of sufficient quality) sowie einen Kommentar.
Im ersten Begutachtungsschritt wird Sektion 1 (Angaben zum PI sowie eine Zusammenfassung des Forschungsvorhabens) des Antrags von mindestens drei Gutachter/innen (überwiegend Panelmitglieder) bewertet. Die Einzelbewertungen der Gutachter/innen werden im Panel diskutiert und ggf. modifiziert. Auf der Grundlage der im Panel getroffenen Entscheidung erfolgt die Eingruppierung des Antrags in eine Rangliste.
Zum Erreichen des zweiten Begutachtungsschritts muss ein Antrag für die Person des PI wie auch für das beantragte Forschungsprojekt in die erste Stufe der Bewertungsskala (A) eingruppiert worden sein und gleichzeitig auf der Rangliste oberhalb des "budgetary cut-off" liegen, welches in etwa dem dreifachen Wert des jeweiligen Panelbudgets entspricht.
Im zweiten Begutachtungsschritt wird der gesamte Antrag unter Hinzuziehung externer Fachgutachter/innen vom Panel bewertet. Auf der Grundlage der vom gesamten Panel getroffenen Entscheidung erfolgt wiederum eine Einordnung des Antrags in eine Panelrangliste. Nach Abschluss der Panelbegutachtungen erstellen die Panelvorsitzenden jedes Förderbereichs gemeinsam eine konsolidierte Rangliste aller Anträge.
In diesem Schritt führt der ERC auch Interviews in Brüssel, bei denen die Kandidaten/innen ihre Projekte vorstellen. Eingeladen werden alle Bewerber/innen, die die zweite Begutachtungsstufe erreicht haben.
Um gefördert zu werden, muss ein Antrag für die Person des PI wie auch für das beantragte Forschungsprojekt in die erste Stufe der Bewertungsskala (A) eingruppiert worden sein und gleichzeitig im Rahmen des jeweiligen Panelbudgets liegen. Anträge oberhalb der erforderlichen Mindestbewertung, aber außerhalb des Panelbudgets, gelangen auf die Reserveliste.