Die Regeln für das Berichtswesen in Projekten werden von den JTIs selbst festgelegt und unterscheiden sich daher zum Teil sowohl von den Regelungen für andere Bereiche des 7. Forschungsrahmenprogramms (7. RP) als auch untereinander. Insbesondere bei der Abwicklung der Finanzberichtserstattung kommt es aufgrund der speziellen Organisationsstruktur und der daraus resultierenden Finanzierungsmechanismen der JTIs teilweise zu erheblichen Abweichungen.

Die rechtliche Grundlage für das Berichtswesen bildet jedoch ebenfalls die Finanzhilfevereinbarung, die das Konsortium mit dem Gemeinsamen Unternehmen (und evtl. auch mit den Mitgliedstaaten) abschließt und deren Struktur weitestgehend dem Model Grant Agreement des 7. Rahmenprogramms entspricht.