Die aus den bisherigen Rahmenprogrammen bekannten Kostenmodelle für indirekte Kosten werden im 7. Forschungsrahmenprogramm nicht ‎fortgeführt.
Hinsichtlich der Abrechnungsmethode von indirekten Kosten haben die ‎Teilnehmer, je nach Buchhaltungssystem und Rechtsform, folgende Möglichkeiten:‎

Für Teilnehmer mit analytischer Buchhaltung:

• Abrechnung nach tatsächlichen indirekten Kosten

Für Teilnehmer ohne analytische Buchhaltung:

• Abrechnung der indirekten Kosten nach einem vereinfachten Berechnungsschlüssel (simplified method), der individuell auf Ebene der Einrichtung kalkuliert wird und eine faire Verteilung der indirekten Kosten auf das Projekt gewährleistet

Öffentlichen Einrichtungen, Forschungsorganisationen und KMUs, die über keine analytischer Buchhaltung verfügen, haben die Möglichkeit der

• Inanspruchnahme einer Pauschale für indirekte Kosten in Höhe von 60% aller direkten ‎Kosten (abzüglich Unteraufträge)
  (Auf der Basis einer revidierten Entscheidung der Europäischen Kommission vom 15. Juni 2009 ist diese Regelung bis zum Ende des 7. Forschungsrahmenprogramms gültig.)

Für alle Teilnehmer zugänglich ist die

• Inanspruchnahme einer Pauschale für indirekte Kosten in Höhe von 20% aller direkten ‎Kosten (abzüglich Unteraufträge)

Für einige Projekttypen werden grundsätzlich nur Pauschalen zur ‎Erstattung der indirekten Kosten gezahlt:‎

• ‎7% für Koordinierungs- und Unterstützungsmaßnahmen
• ‎20% für Maßnahmen im Bereich der Pionierforschung (ERC)‎
• 20% für Maßnahmen der Gemeinsamen Technologieinitiativen z.B. Innovative Medicine (IMI) und Fuel Cells and Hydrogen

Darüber hinaus kann der EU-Zuschuss für indirekte Kosten in Form einer Erstattung von Pauschalbeträgen erfolgen (z.B. bei Marie Curie Maßnahmen) .